La plateforme Proteogen propose un panel de solutions techniques visant à aider ses utilisateurs à améliorer la compréhension des dynamiques moléculaires mises en jeu dans de multiples réponses physiopathologiques.
Dans cette optique, 2 plateaux techniques, étroitement associés, ont été mis en place afin d’accompagner l’exploration des transcriptomes et protéomes des espèces animales, végétales et microbiennes étudiées dans les différents laboratoires de l’US EMerode.
Spécialisée dans les études Protéomiques, la Plateforme Proteogen se charge de l’analyse de vos échantillons en mettant en œuvre un pipeline spécifique et sur-mesure depuis la biochimie (préparations spécifiques) à l’analyse physique en 4 dimensions, par spectrométrie de masse, jusqu’à l’étude des données (identification, statistiques dédiées pour la quantification relative ou absolue des protéines et annotations des processus et voies biologiques).
Analyses Protéomique : La plateforme dispose d’un laboratoire de biochimie dédié à la préparation d’échantillons spécifique à l’analyse protéomique.
La plateforme propose différents services d’analyses en spectrométrie de masse pour réaliser :
- Des identifications de modifications post-traductionnelles (méthylation, phosphorylation, …),
- Des caractérisation de protéomes et peptidomes complexes (interactomes, ….),
- Des approches de protéomique et peptidomique quantitative comparative afin de comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents à des observations physiopathologiques.
Les analyses sont réalisées en 4 dimensions, en DIA ou DDA sur un système nanoLC-TIMS TOF Pro (Bruker)
Les analyses bioinformatiques résultantes (identification, normalisation, statistiques, enrichissement en GO terms, mapping des pathway, …) sont également réalisées via différents logiciels et services web.
Plateau de Transcriptomique : Mise à disposition, après formation, d’instruments visant à contrôler les extraits nucléiques après préparation et à réaliser un suivi d’expressions géniques :
- qPCR pour le suivi d’expression génique.
- Nanodrop One pour la quantification d’acides nucléiques.
- Bioanalyzer pour déterminer la qualité d’extraits nucléiques.
- Flexstation pour la lecture en microplaques, d’absorbance, fluorescence, polarescence et luminescence.
Pour soumettre un projet à Proteogen, prenez contact avec l’équipe technique de la plateforme par téléphone au +33(0)2 31 56 53 43 ou par mail à l’adresse benoit.bernay@unicaen.fr.
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L’ensemble des plateformes est regroupé sur le campus 1 de l’université.
