Le regroupe deux collections existantes de micro-organismes de l’université de Caen Normandie :

• ALGOBANK-CAEN, collection riche de plus de 500 souches de souches de microalgues marines, saumâtres et dulcicoles destinées principalement à la recherche et à l’enseignement
• UCMA, collection de plus de trente années d’existence comptant actuellement environ 14 000 isolats microbiens représentant la biodiversité passée et présente de souches majoritairement d’intérêt technologique. Les souches de microalgues marines et les isolats microbiens sont collectés et conservés ex situ afin de pouvoir servir de référence ou de base pour des travaux futurs.

L’objectif de ce centre de microbiodiversité est d’être capable de fournir des échantillons d’espèces représentatives ayant conservé leur potentiel complet et qui démontrent des caractéristiques typiques. Pour cela, les rôles clés des collections de l’université de Caen Normandie sont de :

• Conserver des ressources dans le respect de leur diversité écologique et fonctionnelle
• Rendre disponibles des souches pour leur utilisation régulière et reproductible
• Assurer la sécurité, l’entretien et la confidentialité des espèces déposées
• Fournir les informations concernant la source, la caractérisation, et l’utilisation des souches.

Ces collections, en plus de leur rôle de conservation, sont en mesure de proposer des collaborations ou des prestations de services sur l’amélioration de méthodes de cryoconservation, l’identification génétique des souches et la caractérisation des souches (croissance, signatures d’état physiologique, propriétés technologiques etc.).

Collection de micro-organismes

La collection UCMA (Université de Caen Microbiologie Alimentaire) compte plus de quarante années d’existence et 22 000 isolats microbiens (bactéries, levures, moisissures, bactériophages) au 1er janvier 2024. Les isolats sont majoritairement d’origine laitière et proviennent en particulier de fromages normands AOP. Depuis 2017, la collection d’isolats s’est agrandie avec des isolats issus de produits cidricoles et de viandes. Au sein de la collection UCMA, le CONOBIAL (COnservatoire NOrmand de la BIodiversité ALimentaire) a été créé en 2015. Il regroupe plus de 6000 isolats de la collection UCMA. Le CONOBIAL est un outil de valorisation et de transfert vers la filière fromagère AOP normande pour renforcer la typicité de ses fromages. La collection UCMA et le CONOBIAL ont une richesse en termes de patrimoine et de potentiel d’innovation qui lui permet de se différencier des autres collections.

Moyens et équipements

Les équipements du CBM lui permettent de remplir les différentes missions d’une collection de ressources biologiques :

1. Conservation : Equipements de cryopréservation et lyophilisation de souches microbiennes : congélateurs (4), centrifugeuse, lyophilisateur
2. Inventaire de biodiversité : MALDI-Biotyper, Bionumerics, Compteur de colonie, Precellys
3. Caractérisation technologique : Systèmes de cultures microbiennes (3), Lecteur de plaques TECAN-SPARK, i-Cinac, GC-MS
4. Cellule de production de ferments : Incubateurs, Centrifugeuse, Bioréacteur 5L

Le plateau CBM-UCMA compte 20 équipements dont la moitié sont des équipements technologiques originaux lui permettant d’assurer ses 4 missions essentielles de conservation, inventaire de biodiversité, caractérisation technologique et production de ferments.

Expertises et services

Le CBM bénéficie des expertises recherche de l’équipe MALIM de l’UR ABTE (www.abte.eu). Le CBM met à disposition le savoir-faire de cette équipe dans l’accompagnement de la production d’aliments sains et durables par une meilleure connaissance des microbiotes des aliments et les relations entre sa structure et ses fonctions. Le CBM a mis au point des méthodologies et protocoles l’exploration de microbiotes d’intérêt alimentaire pour les décrire, étudier les mécanismes impliqués dans les interactions entre microorganismes et analyser la réponse des microbiotes aux contraintes de leur environnement. Il travaille à l’étude des caractéristiques associés aux microorganismes et le potentiel de transfert industriel des souches et communautés microbiennes en tant que ferments ou cultures d’intérêt. Ci-dessous une liste non exhaustive de prestations réalisées au CBM :

• Mise en collection et conservation d’une souche
• Identification d’une souche par MALDI-Biotyper
• Identification d’une souche par séquençage
• Typage d’une souche
• Analyse métagénétique de type shotgun d’un échantillon alimentaire
• Analyse métagénétique 16S ou ITS d’un échantillon alimentaire
• Etude de la biodiversité microbienne d’un aliment par méthode culturale
• Production de ferments en petits volumes
• Lyophilisation d’une souche microbienne
• Volatilome
• Fourniture d’une souche

Comment soumettre un projet ?

Par mail à marina.cretenet@unicaen.fr

Collection de micro-algues

ALGOBANK-CAEN est une collection de souches de microalgues marines, saumâtres et dulcicoles destinées principalement à la recherche et à l’enseignement. Elle a pour mission l’acquisition, la validation, l’étude et la distribution d’organismes cultivables et travaille à détenir des bioressources validées en assurant leur conservation durable et leur développement vivant.

Algobank-Caen : benoit.veron@unicaen.fr